世界は崩壊した。数々の異常現象が起こり人類は追い詰められた。そんな中人類は新たなエネルギーである魔力を得て空に要塞浮島を創った。しかし世界の変化とともに現れた異形の怪物たちにより次々と要塞浮島は滅ぼされてしまう。時が経ち残る人類の生活圏要塞浮島は五つになった。その一つ【第一要塞浮島国家日本】に住む青年柏木紫吹≪かしわぎしぶき≫は浮島の外周を輸送船に乗り飛行中、謎の事故で浮島から落ちてしまう。そして青年は生まれ変わった地表で謎の少女と出会い変わり果てた世界を知らされる。