巨大な隕石が太平洋に落ちた影響で世界は大規模な自然災害が起き各国では軍事削減した資金を復興支援に回してから３年後にはなんとか復興までたどり着けた。 　 　そして、５月に『マーズ』とゆう謎の敵兵器の大規模な攻撃で、連合は戦力不足ために、なすべもなく後退し連合は民間軍事会社やフリーの傭兵などを臨時の正規軍として戦争は拡大ゆく。 　主人公は一回死ぬが偶然にもアレクスに助けられ生き返るが、『クロニクル』適合者になり、おまけに隊長の資格まであるとなった主人公はTAC（ターゲット）ネーム『イスル』として戦火に巻き込まれる。

雨の中のベランダに爆撃機の擬人化となって帰ってきたが記憶をなくした実の妹、美紀が戻ってきて浩太の人生が大きく変わってしまった。妹の記憶を取り戻すため侵略してくる謎の敵『マーズス』に浩太達は挑む！学園ミリタリーが始まる。

テロリストがロシアを首都を制圧と建国した『ロジア帝国』と同時に連合に奇襲がきっかけで第３次世界大戦が勃発、新型人型兵器『コマンド』が戦争を大きく変えた。そして勃発から２年後膠着状態が続く、そして一人の女性自衛隊隊員の青崎椿が連合の新型コマンド『CDX-01・2型』搭乗で新たな戦火が巻き込まれることになる。