かつて世界中で繰り広げられた大戦によって荒廃した大陸。そこでは貧しいながらも多くの人々が自由を謳歌し、逞しく生きていた。巨大人型兵器「アームドフレーム」の回収と修理、販売などで生計を立てるサイボーグの青年・アルトは武装組織との戦闘の帰りに謎のアンドロイドの少女・キャスパリーグと出会い、紆余曲折あって謎のアームドフレーム「カリバーン」のパイロットになってしまう。しかし彼女は逃亡中の身であり、アルトたちは大陸最強の武装組織を敵に回してお尋ね者になってしまった。彼らは安全を求めて旅に出るが、やがてそれは大きな戦いに発展することになる。果たしてアルトたちは生き残り、戦争を食い止めることができるのか。

東京のとある再開発都市。そこでは未来を悲観する学生、疲れ果てたサラリーマン、無気力なフリーター、自傷行為を繰り返す女性など病んだ人々で溢れかえっていた。人付き合いを避ける平凡で大人しい高校生・蒼は学校からの帰り道、謎の怪物に襲われるが、その時謎の力に覚醒し、怪物を倒す。彼が目覚めた力は「アートマン」という己のトラウマやコンプレックスを具現化させた異能の力。そして彼は同じ「アートマン」の力を持つ仲間たちと出会い、ともに戦っていく中で次第にその心境が変化していく。しかしそんな彼らの前に謎の男が現れ、街に住む人々の姿を異形の怪物へと次々に変えていってしまう。家族や友人を怪物に変えられ、パニックに陥る世界で蒼たちは強大な敵に立ち向かう。

神社仏閣が並ぶ極東の街。そこでは地震、台風、神隠しなど様々な異変に見舞われていた。そこにやってきた少年・燐は謎の怪物に襲われ、命を落としてまった……筈だった。死にかけた彼の手には紅蓮の炎を纏う大剣が生じ、彼はその武器を手に怪物を撃破する。そして燐は謎の巫女・祀と出会い、彼女からこの街に生じるあらゆる異変は燐を襲った怪物・「灰鬼」によるものだと知らされ、彼女とともに「灰鬼」と戦うことを決意する。しかしそんな燐の前に彼と同じ能力を持った者たちが立ちはだかり、彼に祀の身柄を引き渡せと要求する。燐はそれに抵抗するが、祀が彼らの敵である「灰鬼」に変化しつつあるという事実を知らされるのだった。祀が完全に「灰鬼」となるタイムリミットが近づきつつある中、果たして彼は彼女を救えるのか。