長い入院生活を遂げ、4月に入学したコミュ障高校生、科館 洋太郎(しなだて ようたろう)は、入学早々、とある事件によってブーメラン入院してしまう。 しかし、そこに居合せた同じ高校に通う、九村 華奈(このむら はな)と言う名のお嬢様に目をつけられ「特別創立部活動探偵部」に強引な勧誘を受ける事に。 最初の事件をきっかけに少年は、様々な事件に巻き込まれていく。