アライシンヤはイスタニア王国のヒーラーだったが、国王殺し　の大罪から牢獄に監禁される。 　いつの日かブラック・シーカーと呼ばれるようになっていた。 　それから100年後、敵国の王姫アリス・アークボルトに助けられる。 　現最強のヒーラーと呼ばれるシンヤはアークボルト王国へ招かれるが‥

新学期から新しく魔導師育成学校サン・サイン魔道学院に入学したルナ・サタナキアは特殊能力(オリジナル・アビリティ)を持ち、魔法少女(ベガ)、ネクロマンサー(デネブ)、アサシン(アルタイル)を従える魔法師であった。ルナは首席であるエレナ・ウィクトーリアに成績最下位という理由で目をつけられる。そんなある日、実力テストでエレナと対戦することになったルナは・・・

主人公エリック・オズボーンは魔法学園アストレアのランキング最下位の最弱魔法師であった。彼は昔から家族より仕事を優先する父に怒りを覚えていた。新学期が始まり友のゴットハルトと入学式の様子を見に行くとそこで初めて主席合格をしたサラ・ボルタナの姿を目にする。彼女となにかの縁を感じたエリックは徐々に仲良くなっていく。そんなある日、アストレアで殺人事件が起き る。偶然にも犯人を見つけるエリックだったが。