高校二年の春、小夜湖が出逢ったのは、妖怪に取り憑かれた少年だった。 身内の死をきっかけに、妖怪を引き寄せやすくなってしまったその少年は、小夜湖の日常をがらりと変える。 二人の奔走は周りを巻き込み、やがて霊力を持たない陰陽師へ二人を導いた。 やさぐれ陰陽師の元、互いに闇を抱えた彼らの波乱が幕を開ける。

時は江戸。幕末の乱世の裏では殺し屋が暗躍していた。 花室という男が率いる殺し集団のひとり、雪弥はある日、標的の暗殺に失敗する。そしてその際、左腕を失ってしまった。 五年の歳月を経て、雪弥は再び同じ標的の暗殺依頼を受ける。しかし、再会を果たした標的"思季"は、雪弥を溺愛していた…。