『不老不死プロジェクト』と呼ばれる計画が遂行されつつある世界。『不老』は完成し、残りは『不死』のみとなった時代に、二人の少年がいた。そのうちの一人である欣乃介≪きんのすけ≫は、故郷である『星掛街』へ向かう列車の上で少女・アゲハと出会う。彼女がプロジェクトの因果によって生み出された『奴隷』であることを知り、欣乃介は自分の目的を果たしつつ彼女を救おうと奔走する。そしてもう一人の少年・真育≪マイク≫はプロジェクトの本拠地である星掛街の中央にそびえ立つビル『センター』で働きながら、自身の過去の疑念を振り払おうと出入り禁止の書庫へ忍び込んでいた。そこで同じく研究員として働いている女性・祈織≪いのり≫と出会い、少年は彼女の秘密を知る――。 　二人の少年・欣乃介とマイクが決別してから、実に百年が経とうとしていた。 　彼らは老いることなく、また実現できていないはずの『不死』を持ち――？ 　二人が再び出会うとき、決別の理由、過去の真実、そして一人のとある女性の存在が明らかになる――！