巨大な島まるごと一つを敷地に持つ藤見ヶ崎学園は、生徒総数二万弱の超巨大校。４月から通い始めた神崎恵介の元に、一年先輩で学園自治会執行部長を務める幼馴染み・方城小姫が訪ねて来る。 　学園全体……ひいてはこの島全体の全てを統括する執行部のトップである彼女から、その補佐を頼まれた恵介だが、実はこの島にはとてつもない秘密が眠っていた。