記憶を無くした少年、四(よ)津上(つがみ)湊(みなと)は砂漠の真ん中で金色に輝くガラクタと一緒にいた。自分のいる場所が分からない湊は壁に囲まれた街、ジパングに行き、そこでこの国のことについて教えてもらう。
湊はガラクタの元に戻ると、巨大な生物でありジパングに最悪を越しているという『ノイズ』に襲われるが、金剛機という名のロボットに乗る緋鳥明日香に助けてもらう。
記憶がないことから、身柄を預けることになった湊に明日香は力を貸してほしいと頼まれるが、明日香が行おうとすることがジパングの事しか考えていないことを知り、拒否する。
一時期は喧嘩して、湊は明日香を手伝おうとしなかったが、明日香の付き人である雨宮(あめみや)雷土(いかづち)に、明日香がジパングだけのことしか考えていないことを知る。
その理由を知った湊は明日香を助けようと動く。敵に囲まれ、ピンチの明日香を湊は助け、これからは明日香を守ると誓った。