人間自身が空を飛ぼうという概念が生まれなかった世界。 人々はHSA(ハイサ)と呼ばれる人造機人で空を走るという手段を生み出した。 飛走都市スカイレイル――ここはHSAが2RBと呼ばれる競技を盛んに行う都市である。小さな工房で働く少年・クリュウは、エリート競技者(ライナー)を輩出するアカデミーで期待されながらも、岐路に立たされ中退した過去を持つ。夢をかなえられずに燻っていたクリュウが今、『飛走』する!

ある日、伊集院 直（いじゅういん なお）は事故に会う。目が覚めると少年は自分の意思を持ったまま墓地の下にいた。必死に土を掘り起こして外に出るとそこには見たこともない両親の姿があった。両親は自分のことをナオと呼ぶ。 転生でも憑依でもなく、既に死んだパラレルワールドの自分と成り代わる物語。トラベルした先は、ファンタジーの世界。 直……いや、ナオはどちらの世界で生きることを選ぶのか？

　都会から離れた大門島(おおかどしま)。その島に隠居する少年科学者……永峰(ながみね)文哲(ふみてつ)。そこは誰に騒がれる訳でもなく、ひっそりと自分だけで研究を行える理想の地であった。そこに漁船沈没事故が発生する。文哲が救出した漁船に乗っていた老人は、大門島と双子島にあたる神無島(かみねしま)の今は亡き神を見たという。文哲は、神無島から卵の様な物体を持ち帰る。　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　一つの卵から始まるドタバタな毎日が始まる。黒と白の少女達、男友達、その中で再び文哲は大切なモノを得る。　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　大門島に大怪獣が現れる時、唯一対抗手段を持つ天才・永峰文哲が出した結論とは……