平民の身分の親から生まれた主人公シャルク。この世界では15歳になると1人1つスキルが現れる。
スキルを鑑定したシャルクは例外的に強すぎるスキルであった。王都ではこの力を利用しようと処刑という名目で彼を捕まえようとする。
しかし、このスキルには秘密があった。このスキルは、神のスキルと呼ばれ、元々封印されていたのであった。そして、神のスキルと対になる存在魔のスキルも同じ場所でどちらも封印されていた。しかし、何者かの手によってその封印が解かれ、魔と現世の均衡が崩れ、魔界のモンスターが現れるようになった。そして、魔のスキルによって力を取り戻した魔の執行官によって再び現世を脅威に陥れる。世界を救うため、シャルクは幼馴染のユナと共に神のスキルを持った仲間を集める旅に旅立つのであった。