２０２１年、世間の知らない所に恐るべし事件が起こっていた。 あらゆるテロ行為を行っている科学犯罪組織、 【ＤＥＡＴＳ・ＮＩＧＨＴ（デス・ナイト）】と、 対テロ極秘殲滅組織、 【ＳＳＰ（シークレット・サイレント・ポリス）】の、 凄絶な戦いだった・・・・・。 ある日、その戦争による事故で両親を失った少年、 高町・光次郎（たかまち・こうじろう）の前に、 謎のメイド少女【あかり】が現れて、 光次郎を守ろうと、彼の家に居候する。 そして、光次郎の前にＤＥＡＴＳ・ＮＩＧＨＴの、 巨大アンドロイドが現れて、破壊活動を始める。 しかし、あかりは巨大アンドロイドに変身し、 悪の巨大アンドロイド、【ジャンボ・ロイド】と戦い、倒す。 そして、光次郎は幼馴染である少女、 月野桜（つきの・さくら）がＳＳＰの隊員である事を知る・・・・・。 光次郎は今までの生活ではないような、 数奇な運命をたどらなければならなくなった・・・・・。 これは、独りの少年と機械の巨人に変身する少女が織り成す、 優しさと切なさと苦悩の物語である・・・・。