中二病から未だ脱していない高校一年生の京極(きょうごく)聖夜(せいや)は、教室で隣席の紫條院(しじょういん)清華(さやか)という女子に、全国模試の成績で自分より上位であることから因縁をつけられる。それに聖夜は激しい対応を見せ、それでクラス中の注目を集めて清華とまともに話ができなくなった。そこで、清華の提案によって誰も立ち入らない屋上で会うようになる。

クリノスという町で戦っている少女リオン・サンラムルは、機鋼化(ハイブリッド)という体の半分が金属でできた敵を相手に仲間を全員失ってしまう。リオンが危機に瀕した時、突如現れた黒尽くめの男に助けられる。通常の銃では歯が立たない相手に、男は強力なマグナムを使って敵を全滅させる。ジョン＝クラウド・マグナムと名乗る男は、国の独裁者である神郷(じんごう)壊人(かいと)に復讐をするため、また、神郷に奪われた妹のアンネを取り戻すために戦う者だという。

高校二年生の焔條(えんじょう)政貴(まさき)は、ゴールデンウィークになる初日、家をマシンガンで襲撃される。焔條の前に現れたのは、Ｍ60を持つフレアという少女だった。殺されそうになる焔條だが、彼の愛銃Ｍ1911が突如まばゆく光り、橙色の髪と目に漆黒の甲冑姿という少女が現れる。ガバメントと名乗る少女は、自分がＭ1911に宿る九十九神だと明かし、焔條と共に戦うと言った。