―――――今から2000年以上前、この大地を争いの絶えないものに変えた人類に神は怒り、罰を与えた。その罰とは争いのもととなる、心の穢れたものたちを一掃するものであった。ユーラシアの大地は聖風とよばれる神の作り出した風が澄み渡り、心の穢れたものらは死に絶え、選ばれしものたちが生き残った。選ばれしものたちは1000年の時をかけてユーラシアの大地を平和的に統合していき、ユーラシア連合とよばれる巨大な連合国を作り上げた。これですべてが終わったと思われたがそうはいかなかった。穢れた心を持つものが生き残っており、彼らは選ばれしものたちとの間に穢れた子孫を残した。選ばれしものたちは神が再び怒るのを恐れ、神に代わって彼らに「貧困」の罰を与えた。穢れた子孫は貧困に苦しみながら暮らしたが唯一の救済があった。それは神と「契約」を結ぶこと。契約者は穢れを浄化できるが、代償として国民のために命を使わなくてはならない。毎年、数百人の穢れた一族の子供たちが契約にふさわしいものとして選ばれ、九十九学院に送られ、契約のために様々なことを学ぶ。 穢れた一族の子孫である、ケンセイ・アマミ（18）も九十九学院に入学し、神との契約を結ぶことになった。 果たして、契約の正体とは？彼に待ち受ける運命とは？