突如現れた黒い機械による世界破壊と人類抹殺は、進んだ人間のカガク技術を一時的に停滞させた。 　その事件により少年・瀬戸守は四肢と頭部の約三分の一とさらに自信に関する一切の記憶を失う。八年後、同居人の博田高士とともに設計士、技術士の仕事をこなしつつ、二つの目的のために日々を過ごしていた。 　赤囲紅炎との戦闘から一週間ほどが経過した現在、守の住んでいる銀の川の底ではある団体が居座っていた。一方、博田高士の方は生き残った博士号取得者の弁論大会・通称『博士会』に来ていたが、そこである少年たちに出会う。

　破壊機械による世界崩壊の前日。 　とある翼を持つ少女は溢れ出る好奇心と恩人への敬意から、 　とある機械の少年は自身の記憶を探る手掛かりと存在意義を見つけるため、 　カガク(科学も化学も)が発展した街にて歩きだし、出会いを果たす。 　その出会いは、カガク時代とよばれるその時代の新たな光となるのか、それとも破壊をもたらす存在となるのか。 　破壊機械のもう一つの視点。