謎の物体『箱』が日本上空に現れたが、意外な事になんの変化も影響もなく2年の月日が流れようとしていた。 今年から最難関校であるT大に通う主人公、鬣 恭弥とその幼馴染である桐花 美希は入学式に向かっていたが…