近未来、人間が知性を持つ機械「メカ・サピエンス」と共存する街。人間と機械の境界が曖昧になった世界。かつて住人全員が記憶喪失となった大事故から七五年、街は再興を祝う盛大な記念式典を控えていた。街は地下深くにある謎の遺跡が生み出すエネルギーによって稼働しているが、多くの人々はそれを知らない。記念式典の成功にはエネルギーの安定供給が不可欠であり、地下で働く配管工の青年・メウは遺跡基幹部のメンテナンスを上司から命じられる。基幹部は精神攻撃を用いる謎の化け物「モグラ」が頻出する危険地帯。メウはメカ・サピエンスのキュボーと班を組み、モグラと戦いながら仕事をこなしていく……。

「あなたにとって、生きるとはどういうこと？」 　ロボット工学をはじめとする様々なテクノロジーが発展し、もはや「人間はいらない」というジョークも笑えなくなった時代。 　博物館の学芸員である「私」のもとに、常連の女の子が尋ねてくる。彼女は「先生」から出された宿題――生きるとはどういうことか――のヒントを「私」から得るためにやってきた。「私」は恐竜が何よりも好きだ。博物館に就職したのもそれが理由で、女の子とも恐竜の話を通じて顔見知りになった。けれども実際は、高性能自律型ロボット「スマート学芸員」に仕事を奪われ、博物館の完全自動運営化へ向けて「私」の解雇も遠からず決まっていた。一方の女の子は、生まれつき「調整」を受けた将来有望なテクノロジーの申し子だったが、その「調整」に不具合があることが最近発覚した。 　これから先をどう生きるか。自分は何のために生きるのか。金魚の泳ぐ喫茶店にて、二人は話し合う。

　画家である私のもとに、カメラマンであるかつての親友が尋ねてくる。 　私たちは昔とても仲が良かったけれど、ある苦い出来事があって、それで別れたきり。かつての親友は今、大罪を犯して逃亡中の身。つまりお尋ね者だ。その人は私をファミレスに連れ出して、「世界の真実」を語り始めた。 　この世界は瓶の中に造られた世界。それは私たちのような下々の民に知られてはいけない秘密らしい。その秘密を暴露しようとしたことで、その人はお尋ね者になった。 　そして今度は、一緒に瓶の外に出ようと私を誘う。けれども私は、瓶の中で生きることをそんなに悪いことだとは思わない。いや、もっと単純な話、私の知らない顔をするあの人が気に食わなかった。 　だから誘いには乗らず、私たちは再び別れた。私はこの世界の画家として、瓶の中の世界を描くのだ。

　小さい頃からすごく仲が良かった親友と、なぜだか自然と距離が空くことってあるよね。 　成長して気が合わなくなったり、お互いにそれぞれ仲のいい友達ができたりして、すっかり疎遠になってしまって、そのまま埋もれてしまった関係。 　でも、ときどき、ふと会いたくなることってない？　できればまた昔みたいに、ううん、それ以上に仲のいいお友達としてよりを戻したいって思うこと、ない？　身勝手だなって、自分でも思うんだけど。 　これは高校生の女の子である「私」が、そういうことでうだうだ悩む、ただそれだけのお話。

　私は絵を描く仕事をしている。油のにおいと、絵具で汚れるのが好きな性分。 　ある日、昔馴染みの彼が黒豆入り抹茶ロールを持って訪ねて来た。彼は話を聴いてほしいとき、いつも黒豆入り抹茶ロールを持参する。まあ、好きだからいいけど。今日は、いきなり愛がどうのとか理知的に語り始めた。どうせ大学で習った覚えたての知識を披露したいんでしょ。はいはい、適当に付き合ってあげる。紅茶と合わせてティータイムね。 　絵以外がずぼらな私にとって、何かと世話を焼いてくれる彼は貴重な存在。だからストックしておかないとね。ついでにケーキも焼いてくれると嬉しいんだけど。 　でも、一丁前に悩んでる割にはあんまり中身がないよね。仕方ないから、君のこと黒豆入り抹茶ロールと同じくらいには好きだよ、って言ってあげたら落ち込んじゃった。食べ物と同列なのがショックだったんだって。そうなの？ 　私、これがないと生きていけないんだけど。

大雨の中、無人のはずのファミリーレストランにて女と男、少女と少年が話し合っている。 人は誰でも「秘密の部屋」を持っている。どれだけ親しい間柄であっても、不用意にこじ開けたり、踏み入ったりしてはいけない。 けれど彼らはお互いに禁を犯してしまった。 そこには、そうでもしなければお互いの愛を信じられなかった事情があるようだ。 二人は愛し合っていたはずだが……そもそも、愛とは何だろうか？ お互いの上辺だけ、いわば鏡に映った自分の顔に接するような付き合いは、果たして愛と言えるのだろうか。 かといって、お互いの秘密を暴露し合うような付き合いも、愛とは違う気がする。 雨が止んでも答えは見つからず、それぞれは別れていくのだった。 自らが永遠に喪いつつあるものを胸に抱きながら。

　眠りに就こうとした真夜中、私は知り合いの男に呼び出され、ある女の子に出会う。 　女の子は「ルビーウィッシュ」をなくしたらしく、泣きわめいて私の名前を呼んでいたという。 けれども、私はその女の子と面識がない。そもそも「ルビーウィッシュ」が何なのかもわからない。女の子に説明を求めても要領を得ず、参ってしまう。かといって放ってもおけず、仕方なく私は女の子と一緒に新しい「ルビーウィッシュ」を買いに行くことにした。しかしそれはどの店に行っても売っておらず、正体さえわからない。 　そもそも「ルビーウィッシュ」とは何なのか。その手掛かりを求めて、私たちはどんどん不思議の世界に迷い込んでいく……。

　みんな聞いて、人類は滅亡するの！ 　明日の夜明け前、巨大な隕石が落ちてくるんだって！　それなのに、親も学校も、みんな「いつも通り」の生活を続けようとしてる。こんなのおかしい。やってられない。 　どうせ死ぬのなら、残された時間は自分の好きに使いたいでしょ。だから私は、あいつに会いに行った。あいつは空飛ぶ円盤でこの星にやってきて、私と秘密のお友達になったの。私は死にたくないし、あいつとずっと一緒にいたいから、隕石が落ちる前に一緒に脱出しようとお願いしたの。でも何だかんだ言って結局断られちゃった。あいつは私とは違う存在なんだって。何それ！ 　餞別に他所の星で拾ったというCDを残して、あいつは飛んで行った。その夜、CDを聴きながら私は人類滅亡の時を待った。切なくて、切なくて、こんな歌をくれるくらいなら、死んでもいいから、いっそ私を連れ出してほしかった。 　気付いたら、朝になってたけど。

大学生の「僕」は、帰路の電車で旧友・渡部と二年ぶりに再会する。 嬉し懐かし、よもやま話に花を咲かせるが、高校時代の教師・梅田の話題になると雰囲気は一変する。梅田はこの間、高校の屋上から飛び降りて死んだという。「僕」はそのことに衝撃を受けると同時に、渡部にも違和感を抱く。「僕」は渡部のことをよく知っているつもりだった。けれど、梅田の死に憤る渡部は「僕」の知らない顔をしていたのだ。 やがて電車を降りた「僕」は渡部と別れる。月光の下、梅田と渡部に想いを馳せながら、「僕」は人気のない道路のセンターラインを歩くのだった。

アキは自称進学校に通う高校生。 宿題だった政治経済の問題集が回収されることになり、それまで問題集をさぼっていたアキは大慌て。別のクラスの友人から完成済みの問題集を借り、答えを丸写しさせてもらうことで難を逃れる。しかし借りた問題集を返し忘れてしまい、成績優秀な友人は問題集を提出できず、職員室に呼び出される羽目になってしまった。 当然ながら激おこぷんぷん丸と化した友人。どうにか機嫌を直してもらうべく、アキは友人をファミレスに誘い、詫びとして何でもおごると約束するのだった。