緑あふれる豊かな世界、リルアーテル。その辺境の村で暮らすリクス・ユーリティは、その日、村の外れにある《立ち入り禁止の洞窟》から誰かの声が聞こえたような気がした。五十年前から大きな岩で塞がれた洞窟から声が聞こえる事など有り得ないと、親友であり兄であるキース・アルキードに諭されたが、それでも無視できずに中に入る事になった。 　その奥には、四つの支柱が置かれた、紋様の刻まれた台座があり、そこに巨大な水晶が浮かんでいた。 　水晶の中には一人の少女。彼女は、世界を救った女神と瓜二つだった。 　少女は一体、何者なのか―――。

　その日、とある高校では長かった試験が終わりを告げた。しかし、日直だからと悠飛（ユウヒ）と菜々は学校に残り、教師の手伝いをしていた。その内に雨が降り始め、すぐに嵐へ変わってしまう。 　昼間だというのに薄暗い校舎内。 　歩いて帰る事の出来なさそうな天気に職員室へ向かったが、職員室からは何の音も聞こえてこなかった。 　得体のしれない恐怖に、日常が、一瞬にして非日常へ変わる――。

　《イリオン》という仮想現実が現実と並んで存在する時代。インターネット上に存在するバーチャルの世界であるイリオンと現実を自由に行き来する事ができるようになった時代。そのイリオンに行ったまま、双子の兄が失踪した。 　イリオンで一体、何が起こっているのか―――。

　親友と姉に連れられてやってきた、オタクの祭典。普通の少年である橘慶太（タチバナ ケイタ）は人ごみから逃げるように歩いていると、人形のような美少女・フィアレスティアと出逢う。彼女に連れられてやって来たそこは、異世界だった。誰しもが能力を持つ世界で、唯一能力を持っていない《クラウン》という存在として招かれた慶太。そこで知ったのは、彼女とその仲間達の目的が世界崩壊であるという事。 　クラウンとは何なのか、世界を崩壊させたい理由とは―――。

　中学二年生の立花希咲（タチバナ キサキ）はその日、大好きな小説「エンドレステイマー」の最終巻が発売された事で、自室で一巻から読み耽っていた。そして最終巻手前まで読んだ時、最終巻と一緒に袋に入っていた黒いハードカバーの本を手に取り、開いた。 　次の瞬間、希咲は見知らぬ森の中にいた。そこで邪影者（ファントム）という影に襲われた希咲を助けてくれたのは、一人の青年。それはエンドレステイマーの主人公の親友であるリュウセイだった。 　ずっと想いを寄せていたリュウセイと出会い、一緒に過ごす事になった希咲。 　本の中という別の世界で、希咲はリュウセイへの想いと、自分だけが知っている本の結末に翻弄されていく。