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主人公にとにかく感情移入がしづらい作品です。

気になる点
主人公の目的がよくわからないと感じます。例えばジャンプで連載中、もしくは連載していた作品を例に考えましょう。
ヒーローものと言えば、僕らのヒーローアカデミアですが、あれは明確に主人公の目標と言える存在、オールマイトがいましたし、ヒーローが戦うべきヴィランもいました。
なので、主人公の目標や、目的がわかりやすく、そのためにいくつもの手段を重ねていくことに違和感がありません。主人公は『オールマイトのようになりたい』し『平和のためにヴィランと戦う』のです。
鬼滅の刃では、主人公にとっては『憎んでも憎み切れない無惨様という悪役』がいて、『それを倒すため』に主人公は鬼殺隊に入り『必死で努力』をします。これも、目的がわかりやすいですね。
ですが、このお話の主人公は何を目指しているのでしょうか？　倒すべき相手もなく、目指すべき平和もないヒーローを目指すというのは、とてもあいまいで漠然としています。
ヘラクレスの正体を知るまでは、この世界に妖怪やらモンスターやら、そういった超常の存在が実在すると知らなかった以上、彼の目標はせいぜいその辺の不良やひったくりなどを倒したい……くらいなものじゃないでしょうか？　それに対して、わざわざ目立つヒーロースーツを作ってしまっては、警察とかに目を付けられるでしょうし、逆に目立ってしまう。
直也がコスプレをしたいのか、悪を倒して治安をよくしたいのか、いまいちわからないのです。私だって、不良に殴られている人がいたら、出来るかどうかは置いといて助けたい、何とかしてあげたいという気持ちはわかります。そこは共感できます。
もちろん、ヒーローには憧れます。仮面ライダーもスーパー戦隊もプリキュアも格好いいです。ですが、この世界にはそんな創作のようなわかりやすい悪の組織はいないはずなんです。少なくとも、ヘラクレスの正体が判明するまでは、ショッカーとか、デストロンとか、そういう悪の組織は非現実的という扱いだったはずです。
わかりやすい悪の組織なんてものは存在しないこと、大人である直也ならわかってるはずなんです。それなのに、体を鍛えて悪い人を見かけたら懲らしめる以上のことを期待しているかのような振る舞いや、ましてや腕試しだとヘラクレスに挑もうとするのは正気の沙汰じゃないと思います。
戦闘狂で戦うことが楽しくて仕方ないという設定ならともかくですが、そんな様子でもないですし……
そしてその正気の沙汰じゃない主人公を抵抗なく受け入れるヒロインに、違和感を覚えてしまいました。まぁ、たぶん彼女も右腕とかを食べたことがあるような狼なんじゃないかと考えてますが。

ヘラクレスの正体を知ってからは、さらに輪をかけて彼が目指すところがわかりません。トワカには人間の力ではどうやっても。おそらく銃くらいではかなわないような相手を見ても、変わらずに体を鍛えるのも、理解に苦しみます。もちろん、一人でも不良の一人や二人を相手にできるくらい体を鍛える意味がないとは言いませんが、彼は一体何を想定して体を鍛えているのかが見えないのです。
不良を倒すために体を鍛えているのでしょうか？　それとも銃や刀を持ったヤクザでしょうか？　それとも、ヘラクレスと同レベルの化け物でしょうか？　読者としては直也がどんな相手を想定して体を鍛えているのかがわからず、ずっともやもやしたまま物語を見せられている状況です。そのため、主人公への共感が出来なくなってしまっています。
そして、なにより問題なのは、それらの疑問すら現在はどうでもよくなりつつあるということです。主人公の掛け声『ゲイン』というのも、意味ありげに隠しておりますが、ようやくそれが語られそうになった時に、『まあいい』で流している時点でなんかもう、どうでもよくなってしまいました。『作者は主人公に共感させる気がないのではないか……？』と、そういう風に感じてしまうくらい、主人公の思惑がわかりません。
一言

結論としては、総じて主人公の思惑がわからず、共感できないことに終始しております。というか、主人公以外も何を考えているかわかりません。キャラクターってのは、なんだか意味深なことを言ったり（特に二章の六話が酷い）、『格好いい風』のセリフを吐いていれば格好よくなれるわけじゃないんです。このキャラクターはこういう人間です、こういう風に考えているので、こうしたいと思っています。そういった、キャラクターの生きざまをきちんと感じられるようになればいいのですが……
なんというか、意味深な割に意味のないセリフを重ねている会話を聞いていると、2chで一時期話題になり、ニコニコ動画にも投稿されている『バカな・・・早すぎる・・・』を延々と見せられているような『壮大に何も始まらない』気分になります。

また、短いセリフが連続するシーンでは、誰が喋っているのかわかりにくく感じます。セリフごとに、ちょっとした動作なんかも加えてみるのはどうでしょうか？