約1500年前、魔法使いという人類がこの世界に存在し始めた。 炎、水、自然、光、闇、全ての力を超越し、さらにずば抜けた身体能力をもった彼らは普通の人間とかけ離れていて、恐れられ、差別された存在とされていた。 ある時に事故にあった少年であり、人間の水無月幸生は、普通死んでいるはずが、わずか一ヶ月で目が覚めた事により、その身体の頑丈さと回復力から魔法使いである事が判明し、私立魔導機関学園に転校する事になる。 魔法使いと聞かされ、友人から見放された幸生は、強くなってまた会うと決意する。 これは人間から魔法使いになった新たな少年の物語。