その時、日本は変わらなかった。しかし世界は、決定的に変わってしまっていた。 令和X年3月9日23時40分頃。日本を大規模な通信障害が襲い、国外との一切の通信が遮断されてしまう。 誰もが戸惑う中、内閣総理大臣加藤忠彦は恐るべき連絡を受ける。300もの国籍不明機が、首都東京を目指して飛行中だというのだ。 即座に下される防衛出動命令。一切が謎のまま、熾烈な防空戦闘が始まった……。

日本国環境省が日本国の自然環境の防衛、そして野生動物の保護とその他生物多様性の確保を任務としており、これを達成するための必要最低限の実力として、旧自衛隊を発展的解消して創設された環境保全隊を保有していることは、誰もが知っている周知の事実である。彼らは旧アメリカ合衆国から戦利品として入手したシャングリラ級大出力電源艦を以て、ついに異世界への扉を開いた。 そこは力ある者が他者を支配する帝国主義の世界――その片隅で弾圧され、いま絶滅の危機にある種があった。その名はセイタカ・チョウジュ・ザル（俗称：エルフ）。 日本国環境省環境大臣は「貴重な種が絶滅するということは、すべて死んでしまうということ。それだけは絶対に避けなければならない」とコメントし、セイタカ・チョウジュ・ザルの保護のため、保全隊の投入を決定した。