ダンジョン作家としてこそこそ活動していた男子高校生、村重(むらしげ)透流(とおる)は、ある日自分の造ったダンジョンに部外者が入り込んでいることに気づく。好奇心旺盛な悪友・榊原創史と、その宿敵・如月瑛莉の二人を連れて自作ダンジョンに向かうと、作者である村重の知らない区画が拡張されていた。そこに見事な生活空間を創出していたのは、流浪のダンジョンハンター、穐山真悟と、その助手、国定三姉妹だった。
国定三姉妹はダンジョン内でしか生きられない奇病に罹っており、定住できるダンジョンを探していた。村重は彼女らの住環境を整えるため、真剣にダンジョン造りについて考え始める。
そんな折、世間では原因不明のダンジョン事故が頻発。穐山の指導のもと、村重はそれらの原因究明と解決に挑むことになる。