すべてを変えたのは、この世界か、それとも彼らか。
すべてを約束された中心区《インサイド》と、そこに生まれたら最後、過酷な運命を強いられる外周区《アウトサイド》が存在する世界。この世界は、とあるウイルス・U-p7によって人類が3種類に分類されてしまった。
インサイドで暮らす少年、ルイス・M・ウィルソンは、U-p7に抗体を持った存在《サイファー》であり、U-p7によって破壊的能力を授かり、サイファーを攻撃してしまう可能性のある存在《アウトロー》を政府下で捕獲する組織《シーカーズ》に所属している。
U-p7に影響されない、人間たちの古代からの相棒であった《オートマタ》とバディを組み、今日も彼らシーカーズは従順に命令に従う──