西暦2080年。 五年前の大災……「ラグナロク・デイ」により、海領孤立都市と化した「新東京」に住まう16歳の少女、天月サナキは二つ下の妹である天月ミコトと姉妹二人で生活を送っていた。 いつもと変わらない日常を送っていたある日、サナキは遺伝子研究所からの薬品漏れにより立入禁止とされていた場所へと侵入し、そこで人類を脅かす敵……「ジーヴァ」に出会し、襲われる。 しかしそこで国家安全保障防衛特殊機関……「GRAD」に所属する少女、六条メイに命からがらの所で助けられる。 メイは「神」と呼ばれる選ばれた者だけが装着出来る擬似魔力神鎧……「FEZER」を装着し、次々とジーヴァを殲滅していく。 だが突如として現れた強力なジーヴァに、メイは苦戦を強いられ負傷を追う。 負傷したメイに代わりに戦う事を決意したサナキは、メイの「FEZER」を装着し、新たな神として人類を救う決意をする。 ……だが、ジーヴァは強くサナキは自分の命を犠牲にする事で、ジーヴァを倒した。 その意思を継ぎ、妹のミコトが戦う事となる。