人工知性体を利用した個人用兵装『人工剣霊』を作り出した学術機関『アカデミー』。そこの学生である浅見央太は、ある日『アカデミー』の地下で正体不明の『人工剣霊』の少女と出会う。何故か、彼女は『アカデミー』の公安委員会に身柄を狙われていた。央太はなりゆきから、彼女と共に公安委員会からの逃避行を行うことに。