現代より遥か昔、神々がまだ天、地、海を統べていた時代……神代《じんだい》。 　その頃、まだ“葦原立つ中つ国”と称されていた日本は高天原を拠点とする“天津神《あまつかみ》”と中つ国を拠点とする“国津神《くにつかみ》”との争いの渦中にあった。 　そんな状況の中つ国を旅していた魚の神である虹《コウ》は、自身の養父母を殺した謎の天津神『カグツチ』の手掛かりを求めながら、友が居る出雲に休息も兼ねて訪れる。 　しかし、訪れた先で待っていたものは国津神の長への任命と友を襲撃した嫌疑だった……。 　その嫌疑による討伐から逃れるコウ。アイヌ、琉球……再び中つ国中を巡るそんな彼が逃げ場として選んだ最後の場所はこともあろうに天津神達の居る高天原だった。 　魚神の虹……荒神の荒覇吐《アラハバキ》……一柱にして二柱として生きるコウはその狭間の中でカグツチと養父母の死の真相へと迫っていく。