ウイルスに寄生した動物「機獣」と日々戦っている世界で目覚めた記憶を失くした少年・蓮はこの世界で機獣と戦っている少女・結衣に出会う。 結衣との出会いでこの世界の現状を知った蓮は結衣とパートナーを組み、様々な出会いを経て機獣へと立ち向かう。