「わたしと契約をしてほしい。キミだけができる、例外の契約を」 この世界では、神と契約を交わした者の体には『紋章』が現れる。一階紋から始まり、経験を積んで強靱な魂を手に入れることで、彼らは存在のステージを昇り詰め、ごく一握りの英雄たちは神の領域にさえ足を踏み入れる。 そんな世界に、死病にかかり何年も苦しみ死んだ少年は、迷宮に廃棄されたホムンクルスとして転生した。 その貧弱な体は、魔物の棲む迷宮では絶望的なものだったが、彼は諦めなかった。そうして辿り着いた先で、彼は迷宮に邪神として封じられていた女神の少女と出会う。 それは、やがて世界を動かす運命の出会い。この世界でグレイと名乗ることにした少年が、彼女と契約を交わしたとき、死病にさえ屈することのなかった彼の規格外の魂が『紋章』を強く輝かせ始める。 これは、最弱のホムンクルスに転生したグレイの成り上がり物語である。