「諸君、……嘆くことはない。人の倫理が邪魔をするならば、人を辞めればいい」
その一言から始まった人類進化プロジェクト。彼らは機械と生体の融合を図るために、被験者たちの脳内にチップを埋め込む。『自己成長アプリケーション』と呼ばれるそれは、被験者に人の可能性を革新させていく。
【第一部-進化への道標-】
イジメを受けていた久坂旭人は死ぬことも辞さない覚悟でプロジェクトの被験者となり、『自己成長アプリケーション』を使い変貌を遂げていく。それを元に新たな力を発現した旭人はイジメを片手間で打ち倒す。その後に旭人と同じ被験者が現れ、生命が絡む戦いへと発展していく。その最中にあることに気付き、新たな可能性を見出して日本を発つ。
【第二部-崩壊への序曲-】
渡海した久坂旭人。様々思惑が渦巻くアメリカにて彼は一つのプロジェクトを開始する。それとは別に、被験者たちは感情の赴くまま行動を取り始める。
アプリケーション保有者たちは『優越感』『劣等感』『正義感』『使命感』……その他、様々な感情を暴走させ、世界を混乱に陥れていく。
【第三部-破壊と再生-】
世界はモンスターに蹂躙されていた。『人類進化プロジェクト』で生み出されたそのモンスターは人々の命を無残に散らしていく。
他にも世界には脅威が生まれていた。空を制するＵＭＡ、人心を惑わす魔女、人を食らう鬼、死を運ぶ堕天使。彼らは世界に破滅をもたらす。
いくつもの国が滅び、荒廃する終末を思わせる世界に一人のヒーローも生まれていた。メタリックなボディーを持つ変身ヒーロー。オリンピックの金メダリスト、ジミー・ボーナイザーだけが世界の希望だった。
その一方で、指導者たるアレクサンドル・キルヒコッフを失った旭人はある決断を下す。
