21世紀末、世界に存在するあらゆる事象が何らかの“意思”によって創られ存在していることが証明され、その創造の力はすべての生物に内在していることが分かった。同時に、その証明は、人間を創造した神なる存在を示唆した。
そして、22世紀末、人類は絶滅の危機に陥っていた。
数々の天災・人災、そして謎の生物“ビースト”によって、人口は減少。日本では、ビースト対策組織アイギスが発足し、ビーストの対抗手段に“神の薬《ラファエル》”を使って、能力者を生み出した。神明院月冴《主人公》も、また能力者の一人となり、世界を救うべく動き出す。
神を信仰する者、憎む者。世界を破壊しようとする者、守る者。様々な人々の思いが交差し、辿り着く、世界の真実。