14歳の少女エイムは、彼女の両親が遺した「魔法植物図鑑」を完成させることを目標に、町から街へ旅をしている。魔法植物は人々の生活に役立つ一方で、扱いを誤れば危険をもたらす存在でもある。そのため、エイムは各地で植物の調査やトラブル解決に奔走していた。
ある日、彼女は「守護英雄の村」を訪れる。そこで出会ったのは、自分の魔法の力に自信を持てない少年シラセ。彼の村では原因不明の病が広がり、川の水源が何らかの原因によって汚染されていることが発覚する。さらに、その背後には200年前に討伐されたはずの魔獣が復活するという謎も潜んでいた。
エイムとシラセは協力し、魔法植物の調査や魔獣との戦いに挑む中で、それぞれの力と役割を見つけていく。そして、事件の背後には、人為的に魔法植物や魔獣を利用する陰謀が隠されていることを知る。
エイムは両親の遺志を胸に、人々と魔法植物が共存できる未来を目指して旅を続ける。彼女の旅路には、新たな仲間との出会いや試練が待ち受けているが、そのすべてが彼女を成長させ、「魔法植物学」の新たな歴史を築いていくのだった。