2009年2月。東京では「魔女人形連続殺人事件」という謎めいた事件が発生していた。被害者は全員同じ人形のストラップで首を絞めて殺されており、しかもそれぞれにつながりらしいつながりは一切ない。異常な殺人に過熱する報道。相次ぐ殺人に困った警察は、私立探偵・榊原恵一に事件についてのアドバイスを依頼するが……。

　滋賀県豊郷町豊郷小学校旧校舎。某アニメの影響でアニメの聖地となっているこの建物は、かつて町と町民が校舎保存をめぐって全面戦争を行った場所でもある。そんなこの旧校舎の三階で名古屋の有名建築士が殺害される事件が発生した。アニメの聖地で起こった事件に戸惑いを隠せない警察だったが、肝心の現場は完璧な密室。犯人は誰も入れないはずの三階から忽然と姿を消していたのだ。事件は行き詰まり、進退窮まった担当刑事は、静養で自宅に逗留している友人の私立探偵・榊原恵一に事件の調査を依頼。榊原はこの難解な事件に介入することになる……。アニメの聖地で起こった密室殺人事件の真相とは何なのか。

2009年7月、刃物を持った一人の男が都営バスをバスジャックするという事件が発生。東名高速を疾走するバスに対し、警察は機動隊による強行突入を決行するが、突入の際に乗客の一人が犯人の刃物に刺されて死亡してしまい、事件は悲劇的な幕引きを迎えた。ところが、逮捕されたバスジャック犯は最後の乗客殺害に関しては完全否認。しかし、状況的に機動隊の突入時に犯行を行えるバス内部の人間はそのバスジャック犯しかいない。困った担当弁護士は、大学時代の友人である私立探偵・榊原恵一に犯人の発言の成否を判断してもらうことにしたのだが……。

　1985年、バイオリンコンクールに出場した親友同士の二人の少女が、ある約束をした。「互いのバイオリンを交換し、次のコンクールに二人とも出場した際にそのバイオリンを本人に返す」。それは、どこにでもある青春の約束のはずだった。だが、直後に一人の少女が乗った飛行機が火を噴き、約束は永遠に果たすことができなくなった……。それから十五年後、事故のショックから音楽の道を捨てたもう一人の少女は、あるきっかけから友人が眠る山……御巣鷹山へ行くことになる。そして、そこで彼女はある奇跡を体験することとなる……。

　1996年、渋谷の山手線高架下でお嬢様学校の生徒会長が刺殺されるという事件が発生。彼女は真面目な顔の裏で売春を繰り返しており、事件の捜査のために警視庁からは捜査一課トップの捜査班に所属する榊原、橋本という二人の刑事が派遣された。二人は地道な捜査を進めながら次々と新たな事実を明らかにしていくが、やがて一人の容疑者が浮上。最終的に逮捕されたその容疑者が裁判ですべてを認めた事で事件は幕を閉じた。それから13年後、すでに出所していた当時の容疑者が病死し、刑事を辞めて私立探偵となっていた榊原はその容疑者の葬儀に呼ばれることになる。葬儀には当時の関係者たちが一堂に会し、何ともいえない空気が漂っていた。だがそんな中、榊原は彼らに向かって「十三年前の真実を明かす」と言い始めた……。果たして、榊原が十三年越しに語り始めた事件の真実とは何なのか。

　2007年4月、都立立山高校に入学した女子高生・深町瑞穂は、高校生探偵と名高い野川有宏率いるミステリー研究会に入部し、その活動の過程で、「真の探偵」の異名を持つ元警視庁刑事の私立探偵・榊原恵一と邂逅。ひょんな事から榊原と共に豊島区で発生した生命保険会社強盗殺人事件の調査に関わる事となり、そこで初めて本物の「犯罪」の恐ろしさと、それに一歩も引かずに論理だけで立ち向かう榊原という「名探偵」の実力を目の当たりにすることとなった（第一部「豊島区生命保険会社強盗殺人事件」）。それから二ヵ月後、ある事情で榊原と再会した瑞穂は、彼女の所属するミス研で過去に二人もの人間が不審死を遂げており、さらに榊原にその不審死の調査を依頼した元刑事も先日何者かに殺害されたという事実を知る。同じクラブのメンバーを疑うことに葛藤する瑞穂だったが、その翌日、文化祭の準備で賑わう立山高校の部室棟で、四人のミス研部員が同時刻に別々の場所でほぼ同時に殺害されるという前代未聞の不可能犯罪が発生。依頼を果たすため捜査に介入する榊原と、部員の敵を取ろうと榊原に推理勝負を持ちかけるミス研部長・野川有宏。ベテラン探偵と高校生探偵……対極に位置する二人の推理対決が幕を開ける。果たして、この不可能犯罪の真相とは、そしてミス研が抱える「秘密」とは何なのか（第二部「都立立山高校同時多発殺人事件」）。今、極限の推理勝負が始まる！（『カクヨム』でも掲載中）